ここでは、ペプチドの発現量の差を、data dependent 測定(DDA)の実験でのMS1フィルタリングから得るための、Skylineドキュメントの作成方法について体験していきます。このチュートリアルでは、まず、探索的な実験のデータ(discovery data)からスペクトルライブラリを構築します。そして、SkylineドキュメントをMS1フィルタリング用に設定します。次に、測定したMS1スキャンデータからプリカーサーイオンのマスクロマトグラムを抽出するために質量分析装置で測定した生のデータをインポートします。クロマトグラム上の目的のピークのピッキングについては、MS/MSによるペプチド同定情報に基づき行われ、さらにSkyline上での処理を行うことで定量テータを得ることができます。もし、あなたが、探索実験のデータを用いたラベルフリーでの定量実験に興味を持っていらっしゃるなら、このチュートリアルはあなたの新しいツールとなるでしょう。(42ページ)

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* - Skyline v1.2より導入。v1.4、v2.5にて更新。

私たちのMolecular Cellular Proteomics誌の論文もご覧ください。(こちらを引用下さい)
Platform independent and label-free quantitation of proteomic data using MS1 extracted ion chromatograms in skyline. Application to protein acetylation and phosphorylation
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