ここでは、data dependent 測定（DDA）の実験でのMS1スキャンデータを使用して、ペプチドの発現量の差を測定するSkylineドキュメントの作成方法について体験していきます。このチュートリアルでは、まず、探索的な実験のデータ（discovery data）からスペクトルライブラリを構築します。 そして、SkylineドキュメントをMS1フィルタリング用に設定します。 次に、測定したMS1スキャンデータからプリカーサーイオンのクロマトグラムを抽出するために質量分析装置で測定した生のデータをインポートします。 クロマトグラム上の目的のピーク選択については、MS/MSによるペプチド同定情報に基づき行われ、さらにSkyline上での処理を行うことで定量テータを得ることができます。探索実験のデータを用いた標識のない定量分析に興味がある場合、このチュートリアルは研究の新しいツールとなるでしょう。（41ページ）

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* - Skyline v1.2より導入。 v1.4、v2.5、v20.1、v21.1、v22.2にて更新。

2014年10月21日にSkylineチームが作成したウェビナー#1: SkylineによるDDAデータの活用は、SkylineでDDAデータを扱う上で役に立つリソースです。
[ウェビナー1]

2015年6月16日にSkylineチームが作成したウェビナー#8: ターゲットのDDA: Skylineの差別化統計は、DDA実験で検出された全ペプチドから開始して、検体内で変化が見えるタンパク質へと減らすターゲットを絞らない方法です。
[ウェビナー8]

2015年9月29日にSkylineチームが作成したウェビナー#10: Skylineの修飾の作業は、ペプチド修飾についての詳しい説明に加えて、PTMのインポート、同位体標識、大規模なアッセイライブラリのインポートなどの話題を扱います。
[ウェビナー10]

クロマトグラムでID注釈の表示に関する問題が生じた場合は、ヒント: Mascot検索結果でID注釈が表示されない場合を確認してください。Mascotを使用しない場合でも役立つ情報が記載されています。
[ヒント]

私たちのMolecular Cellular Proteomics誌の論文もご覧ください。（こちらを引用下さい）
Platform independent and label-free quantitation of proteomic data using MS1 extracted ion chromatograms in skyline. Application to protein acetylation and phosphorylation
[要約]