获取针对靶向蛋白质组学实验创建Skyline文件的实际操作经验。在此指南中, 您将学会从pepXML和mzXML文件以及某个FASTA格式的背景蛋白质组文件中创建一个MS/MS谱图库。您会将这些信息与在GPM数据库网站(Gobal Proteome Machine)上的某个公共MS/MS谱图库相结合,以指导您创建一个新的Skyline文件去靶向分析一些特定的酵母蛋白质、肽段和子离子。从这个Skyline文件中,您会导出一个母离子-子离子对(transition)的列表,可以直接支持在AB公司的4000 Q Trap型质谱仪上检测分析 (24 页)。

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* - Skyline v0.6版本中开始引入, 已更新至 v1.4版本, 修订版本号为v2.5。


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