本教程是关于Skyline SRM数据分析的,内容涵盖导入仪器原始数据和对文档进行优化。利用多批SRM检测数据,本教程能够帮助你获得很多实际的操作经验。一开始,未优化文档给出的实验设计中,包括超过2000个需要检测的离子对,在Thermo TSQ平台上需要进行39次未预定的单次分析。在导入39次单次分析结果后,利用疏水性进行色谱保留时间回归分析,然后进行MS/MS图谱库的峰强度相关性分析,以提高检测到的色谱峰的可信度。在此基础上,可以利用Skyline进行实验设计优化,仅保留那些高可信度的色谱峰,从而筛选出精简的离子对列表。在优化完成后,对于预定实验设计,Skyline给出的离子对列表可以在一次分析中完成检测。在本教程中,这个实验设计的过程已经完成,你可以导入和查看多次重复实验检测的结果,以体验Skyline优化实验设计的效果。本教程总共有25页

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* - Skyline v0.6版本中开始引入, 已更新至 v1.4版本。

另外, 更多内容请参考我们发表在Proteomics 上的文章。(请引用)

The development of selected reaction monitoring methods for targeted proteomics via empirical refinement
[摘要]

 

了解更多 关于结果检查和优化实验设计方法的内容,可以阅读我们 ASMS 2009 的海报。

ASMS 2009 Poster

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