本教程将介绍如何利用Skyline完成无标记定量数据分析。在数据依赖(DDA)实验中,一般利用MS1信号强度构建离子流色谱峰(XIC),通过对比不同LC-Run中肽段的XIC面积来实现差异定量分析。在本教程中,你将学习利用Skyline从探索性实验数据集中构建图谱库,配置MS1过滤的Skyline文档,导入质谱仪原始数据文件,从MS1扫描中提取母离子的信号强度以构建XIC,然后根据MS/MS图谱肽段鉴定信息挑选合适的色谱峰,完成肽段定量。更重要的是,你还将学习如何利用Skyline进一步处理得到的定量结果。如果你对探索性实验无标记定量分析比较感兴趣,本教程将帮助你认识一个新的研究工具(本教程共37页)。 

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* - 在 v1.2版本中引入, 更新至v1.4版本, 修订版本号为v2.5。

另外, 关于Skyline无标记定量的算法和工作流程,更多内容参考我们发表在Molecular Cellular Proteomics 上的文章(请引用该文章):
Platform independent and label-free quantitation of proteomic data using MS1 extracted ion chromatograms in skyline. Application to protein acetylation and phosphorylation
[摘要]


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