ターゲットとするプロテオミックスの実験に適したSkylineドキュメントを作成する為に必要な体験学習をする事ができます。このチュートリアルでは、pepXMLとmzXMLファイルからスペクトルライブラリを作成する方法、そしてFASTAファイルからバックグラウンドプロテオームファイルを作成する方法を学びます。これらの作成したファイルにGPM (Global Proteome Machine) 公開MS/MSスペクトルライブラリを追加することによって、選択された酵母タンパク質やペプチドそしてプロダクトイオンをターゲットするように Skylineドキュメントを更新する方法も学びます。この作成されたSkylineドキュメントからトランジションリストをエクスポートでき、AB 4000 Q Trapに使うことができます。(28ページ)

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* - Skyline v0.6にて導入。v1.4、v2.5で更新。

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