Table of Contents

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2021-04-11
Tutorials
   教程 (中国语文)
     靶向 方法编辑
     靶向方法优化
     分析分类研究的数据
     处理已有定量实验数据
     MS1 全扫描筛选 (草稿版本)
     并行反应监测 (PRM) (草稿版本)
     非数据依赖型采集
     SWATH 数据分析
     小分子目标 (草稿版本)
     小分子方法开发与 CE 优化 (草稿版本)
     小分子定量 (草稿版本)
     绝对定量
     自定义实时报告 (草稿版本)
     iRT 保留时间预测
   チュートリアル(日本語版)
     ターゲットメソッドの編集
     ターゲットメソッドの最適化
     によるグループ研究データの処理
     既存データ処理および定量実験 (ドラフト版)
     MS1フルスキャンフィルタ(ドラフト版)
     併発反応モニタリング(PRM)(ドラフト版)
     DIA、データ非依存性解析
     SWATHデータの分析
     によるターゲットメタボロミクス解析 (ドラフト版)
     小分子メソッド開発とCE最適化 (ドラフト版)
     小分子の定量化 (ドラフト版)
     絶対定量
     カスタムレポートとライブレポート (ドラフト版)
     iRT保持時間予測 (ドラフト版)
   Targeted Method Editing
   Targeted Method Refinement
   Processing Grouped Study Data
   Existing and Quantitative Experiments
   MS1 Full-Scan Filtering
   DDA Search for MS1 Filtering
   Parallel Reaction Monitoring (PRM)
   Basic Data Independent Acquisition
   Analysis of DIA/SWATH Data
   Small Molecule Targets
   Small Molecule Method Development and CE Optimization
   Small Molecule Multidimensional Spectral Libraries
   Small Molecule Quantification
   Hi-Res Metabolomics
   Absolute Quantification
   Custom Reports
   Advanced Peak Picking Models
   iRT Retention Time Prediction
   Collision Energy Optimization
   Ion Mobility Spectrum Filtering
   Spectral Library Explorer
   Audit Logging
   QuaSAR Quantitative Statistics
   ETH Targeted Proteomics Course Tutorials

Tutorials


[Chinese] [Japanese]

Try one of these tutorials, and get hands-on experience using Skyline with real data.

Introductory

 

Full-Scan Acquisition Data



 

Small Molecules

Hi-Res Metabolomics (17 pages)


 

Advanced Topics

Custom Reports (33 pages)
Audit Logging (23 pages)

 

ETH Course Tutorials 2016 & 2018 (Skyline SRM/PRM/DIA + MSstats + mProphet tutorials with exercises)
SRM CourseETH Targeted Proteomics Course



教程 (中国语文)


[英语] [日语]

请选择尝试这些指南,以获得对实际数据运用Skyline软件的实际操作经验。

介绍性的

靶向方法编辑 (25页)

 

靶向方法优化 (26页)

 

 

 


全扫描采集数据

 


 


小分子



 


高级主题

绝对定量 (19 页)

 

更多即将推出!




靶向 方法编辑


针对靶向蛋白质组学实验亲自动手创建 Skyline 文档。在此指南中, 您将学会从 pepXML 和 mzXML 文档以及 FASTA 格式的背景蛋白质组文件中创建 MS/MS 谱图库。您将把这些信息与在 GPM 数据库网站 (Gobal Proteome Machine) 上的某个公共 MS/MS 谱图库相结合,按照指引创建全新的 Skyline 文档,对一些特定的酵母蛋白质、肽段和子离子进行靶向分析。根据此 Skyline 文档,您将导出一个离子对列表,以供直接在 AB 4000 Q Trap 型质谱仪上进行检测分析。(25 页)。

[下载]



* - Skyline 0.6 版本中开始引入, 继而分别对 1.4、2.5、3.7、20.1 版本进行了更新。

2015 年 2 月 10 日,Skyline 团队举办了第 4 场网络研讨会:Skyline 靶向方法设计,这是该基础课题的又一重要资源。

[网络研讨会]




靶向方法优化


从已发布的离子对和 SRM 质谱仪实验开始,亲自体验定量实验和同位素标记的参考肽段的处理。学习如何利用 Skyline 提供的色谱峰和色谱保留时间摘要图表,进行高效的数据分析。(26 页)

[下载]

* - Skyline 0.7 版本中开始引入,继而分别对 1.4、20.1 版本进行了更新

另外, 更多内容请参考我们发表在Proteomics 上的文章。(请引用)

The development of selected reaction monitoring methods for targeted proteomics via empirical refinement
[摘要]

2015 年 3 月 10 日,Skyline 团队举办了第 5 场网络研讨会:Skyline 靶向方法优化,这是该课题的又一重要资源。

[网络研讨会]

了解更多 关于结果检查和优化实验设计方法的内容,可以阅读我们 ASMS 2009 的海报。

ASMS 2009 Poster




分析分类研究的数据


学习如何利用skyline有效的处理在一个生理状态下多个生物样品的实验数据。你将会使用一个可以被检测到的目标列表,并进一步优化该列表,使其可以只包含在健康和生病状态下在老鼠 (14只)的血浆中具有不同浓度的分子。在这个过程中,你讲学会如何使用skyline快速的研究和理解反常数据。你也会得到一些关于如何使用Skyline (版本3.1)来比较不同生理状态的经验。本教程总共有69页。)

[下载]



* - 根据版本3.1编写的使用说明




处理已有定量实验数据


从已发布的离子对和 SRM 质谱仪实验开始,亲自体验定量实验和同位素标记的参考肽段的处理。学习如何利用 Skyline 提供的色谱峰和色谱保留时间摘要图表,进行高效的数据分析。(40 页) 

[下载]



* - Skyline 0.7 版本中开始引入,继而分别对 1.4、20.1 版本进行了更新

2015 年 12 月 1 日,Skyline 团队举办了“第 12 场网络研讨会:Skyline 中同位素标记的标准品”,这是该课题的又一重要资源。

[网络研讨会]>




MS1 全扫描筛选 (草稿版本)


动手创建 Skyline 文档,使用数据依赖采集 (DDA) 实验中的 MS1 扫描数据来测量肽段表达的定量差异。在本教程中,您将学习从探索性实验数据集中构建图谱库,为 MS1 过滤配置 Skyline 文档,导入质谱仪原始数据文件,以从 MS1 扫描中提取母离子色谱图,然后根据 MS/MS 图谱肽段鉴定信息挑选合适的色谱峰,以及利用 Skyline 进一步处理得到的定量数据。如果您对探索性实验无标记定量分析感兴趣,本教程将帮助您认识一种新的研究工具。(41 页)

[下载]

* - 1.2 版本中开始引入,然后针对 1.4 版本进行了更新,针对 2.5 版本进行了修订,继而又针对 20.1 版本进行了更新。

另外, 关于Skyline无标记定量的算法和工作流程,更多内容参考我们发表在Molecular Cellular Proteomics 上的文章(请引用该文章):
Platform independent and label-free quantitation of proteomic data using MS1 extracted ion chromatograms in skyline. Application to protein acetylation and phosphorylation
[摘要]




并行反应监测 (PRM) (草稿版本)


使用低分辨率 Thermo LTQ 和高分辨率 Agilent 6520 Q-TOF 中获得的并行反应监测 (PRM) 数据,获取实际操作经验。利用低分辨率和高分辨率仪器中测量的母离子和碎片离子,加强对肽段定量之间的选择性和灵敏度差异的认识。运用 Skyline 提供的丰富功能探索新方法,了解自己的质谱数据,以进行基于色谱的定量蛋白质组学处理。(37 页)

[下载]



* - 1.2 版本中开始引入,然后针对 1.4 版本进行了更新,继而针对 2.5 和 20.1 版本进行了修订。

另外, 更多信息请参考我们发表在Journal of Proteome Research 上的文章(请引用该文章)
Label-Free Quantitation of Protein Modifications by Pseudo-Selected Reaction Monitoring with Internal Reference Peptides
[摘要]




非数据依赖型采集


通过一个含有非依赖型数据采集和依赖型数据采集 (在同一个仪器上采集这两种数据)的实验方法来得到分析非依赖型数据的经验。定义和导出一个非依赖型数据采集方法的隔离方案。在进行非依赖型数据采集之前,进行依赖型数据采集,并利用其结果来建立一个质谱谱图库。根据质谱谱图库来选择对应目标蛋白质的多肽和离子对。用skyline导入并分析相关的非依赖型数据采集的结果来熟悉这个实验流程。本教程总共有40页。

[下载]



* - 根据版本2.6编写的使用说明




SWATH 数据分析


Navarro, Nature Biotech 2016 基准论文为依据,使用为指示说明而创建的三物种混合数据集,获得从 Q Exactive 或 TripleTOF 仪器中采集的数据独立采集 (DIA) 数据的实际操作处理经验。对 DIA 使用“导入肽段搜索”向导以根据 DDA 数据构建谱图库,期间对保留时间校准进行自动 iRT 校准,并对肽段峰值检测采用 mProphet 学习模型。采用“保留时间”、“峰面积”、“质量精度”和 CV 等丰富的 Skyline 摘要图评估数据质量。最后进行群组比较,并对通过数据获取每个物种预期比率的效果进行评估。(31 页)

[下载 QE] [下载 TTOF]

* - 20.1 版中开始引入

2020 年 4 月 7 日,Skyline 团队举办了第 18 场网络研讨会:重新审视 Skyline 中的 DIA/SWATH 数据分析,现场演示了这种新材料。

[网络研讨会]

2017 年 1 月 25 日,Skyline 团队举办了第 14 场网络研讨会:运用 Skyline 实现大规模 DIA,重点介绍了自首次举办 DIA 网络研讨会以来 28 个月中开展的其他研究和工作流程。

[网络研讨会]

2017 年 4 月 4 日,Skyline 团队举办了第 15 场网络研讨会:使用 Skyline 优化大规模 DIA,对使用新的数据集和新的仪器类型有了新的了解。

[网络研讨会]]




小分子目标 (草稿版本)


学习如何利用 Skyline 来分析非蛋白质组小分子离子目标。您将导入用于代谢组学实验的小分子离子对列表,并从 Waters Xevo TQS 导入 14 次分析。开始学习如何将 Skyline 应用到小分子的实验中。(9 页)

[下载]



* - Skyline 3.1 版本中开始引入,然后针对 Skyline 19.1 和 Skyline 20.1 进行了更新

2015 年 2 月 10 日,Skyline 团队举办了第 14 场网络研讨会:Skyline 靶向方法编辑,率先介绍小分子支持。
[
网络研讨会]

2017 年 11 月 7 日,Skyline 团队举办了第 16 场网络研讨会:Skyline 小分子研究,讨论了用于小分子支持的新材料。
[网络研讨会]

阅读这张 MSACL 2015 海报,详细了解有关使用 Skyline 进行小分子定量的更多信息。

MSACL 2015 Poster




小分子方法开发与 CE 优化 (草稿版本)


通过文献引用了解如何创建以稳定同位素标记的小分子为目标的 Skyline 文档,这些小分子指定为母离子质荷比、子离子质荷比和碰撞能量值。通过导入来自 Waters Xevo TQ-S(使用 Sciex 三重四极杆质谱仪的初始 CE 值)的多个重复测定数据集,对小分子执行保留时间时序安排和碰撞能量优化。了解最初为靶向蛋白质组学应用而创建的 Skyline 功能中,有多少现成的功能现在可以应用于小分子数据。(39 页)

[下载]



* - Skyline 4.1 版本中开始引入,继而针对 19.1 和 20.1 版本进行了更新

2015 年 2 月 10 日,Skyline 团队举办了第 14 场网络研讨会:Skyline 靶向方法编辑,率先介绍小分子支持。
[网络研讨会]

2017 年 11 月 7 日,Skyline 团队举办了第 16 场网络研讨会:Skyline 小分子研究,讨论了用于小分子支持的新材料。
[网络研讨会]

阅读这张 MSACL 2015 海报,详细了解有关使用 Skyline 进行小分子定量的更多信息。

MSACL 2015 Poster




小分子定量 (草稿版本)


了解如何创建以小分子为目标的 Skyline 文档,这些小分子指定为母离子化学公式和加合物以及子离子质荷比值。导入在三重四极杆质谱仪上使用 LC-MS/MS 收集的多重重复测定数据集,了解最初为靶向蛋白质组学应用而创建的 Skyline 功能中,有多少现成的功能可以应用于小分子数据。 (30 页)

[下载]



* - Skyline 4.1 版本中开始引入,继而针对 19.1 和 20.1 版本进行了更新

2015 年 2 月 10 日,Skyline 团队举办了第 14 场网络研讨会:Skyline 靶向方法编辑,率先介绍小分子支持。
[网络研讨会]

2017 年 11 月 7 日,Skyline 团队举办了第 16 场网络研讨会:Skyline 小分子研究,讨论了用于小分子支持的新材料。
[网络研讨会]

阅读这张 MSACL 2015 海报,详细了解有关使用 Skyline 进行小分子定量的更多信息。

MSACL 2015 Poster




绝对定量


获取使用 Skyline 校准定量的实际操作经验,以估算实验中肽段的绝对分子量。( 19 页) 

[下载]



* - Skyline 1.1 版本中开始引入,针对 1.4 版本进行了更新,在 3.5 版本中进行了校准功能更新,继而针对 20.1 版本进行了更新

2015 年 12 月 1 日,Skyline 团队举办了“第 12 场网络研讨会:Skyline 中同位素标记的标准品”,这是该课题的又一重要资源。

[网络研讨会]

2016 年 4 月 15 日,Skyline 团队举办了“第 13 场网络研讨会:使用 Skyline 进行校准定量”,这是该课题的又一重要资源。

[网络研讨会]

另请参阅 Nature Methods 中的论文 基于经验快速发现用于靶向蛋白质组学的最佳肽段

[摘要]






自定义实时报告 (草稿版本)


借助 Skyline 自定义实时报告的能力,查看、编辑和导出 Skyline 文档中的各种值,获取实际操作处理经验。这些报告非常适合在 Excel 中使用,或在使用 R、Matlab、Java、C++ 和其他语言编写的自定义代码中使用,从而在使用 Skyline 处理仪器输出后进行深度统计分析。还可以学习在 Skyline 中检查数据时如何使用 Skyline 结果网格视图访问这些值并添加自定义注释。遵循本教程操作可极大增加使用 Skyline 完成的实验范围。 (32 页) 

[下载]



* - Skyline 0.6 版本中开始引入,然后针对 1.4 版本进行了更新,针对 2.5 版本进行了修订,继而又针对 20.1 版本进行了更新




iRT 保留时间预测


本教程将引导您获得 iRT 技术的实际操作经验。iRT 技术将校准过的、基于经验检测的肽段色谱保留时间存入一个库中,供日后针对安排时序的采集和峰检测结果的验证进行保留时间预测。在本教程中,你将学习如何校正自己的 iRT 计算器,以及详细了解关于 iRT-C18 校准的过程。其中,iRT-C18 是 BiognosysiRT-Kit 中使用的肽段标准样品。本教程将引导您利用 SRM 数据、图谱库和探索性实验 MS1 过滤得到的色谱峰校正新的 iRT 值。同时,您将学习如何重新校准这些 iRT值,对采用新梯度的新列安排 SRM 采集。本教程将展示 iRT 预测的精度,以及更高精度的保留时间预测在色谱峰鉴定结果验证中如何提供更高的可信度。((本教程共36页) 

[下载]

* - 1.2 版本中开始引入,继而分别对 1.4 和 20.1 版本进行了更新

2015 年 5 月 12 日,Skyline 团队举办了“第 7 场网络研讨会:使用 Skyline 进行 iRT 保留时间预测”,这是又一重要资源,可用于了解有关 Skyline 中 iRT 保留时间标准化和库构建概念的更多信息。
[网络研讨会]

2017 年 1 月 25 日,Skyline 团队举办了“第 15 场网络研讨会:使用 Skyline 实现大规模 DIA”,会上提出了更新的高级 DIA 工作流并使用更大规模的数据集。第 14 场网络研讨会还涉及将 iRT 集成到方法开发中。
[网络研讨会]

另外, 更多细节请参考我们发表在Proteomics上的文章 (请引用)
Using iRT, a normalized retention time for more targeted measurement of peptides
[摘要]




チュートリアル(日本語版)


[英語] [中国語]

これらのチュートリアルでは,実際のデータを用いた解析をご自身の環境で経験いただくことができます。

入門編

 

フルスキャン測定データの解析

SWATHデータの分析 (35ページ)


小分子タ

 

上級者向け

絶対定量 (21ページ)

他の内容は近日公開する予定です!




ターゲットメソッドの編集


ターゲットとするプロテオミクスの実験に適したSkylineドキュメントの作成について学んでいきます。このチュートリアルでは、pepXMLとmzXMLファイルからスペクトルライブラリを作成する方法、そしてFASTAファイルからバックグラウンドプロテオームファイルを作成する方法を学びます。これらの作成したファイルにGPM (Global Proteome Machine) 公開MS/MSスペクトルライブラリを追加することによって、選択された酵母タンパク質やペプチドそしてプロダクトイオンをターゲットするようにSkylineドキュメントを更新する方法も学びます。この作成されたSkylineドキュメントからトランジションリストをエクスポートでき、AB 4000 Q Trapに使うことができます(28ページ)

[ダウンロード]



* - Skyline v0.6にて導入。 v1.4、v2.5、v3.7、v20.1で更新。

2015年2月10日にSkylineチームが作成した ウェビナー#4: Skylineターゲットメソッドデザインでは、この基本的な話題についてもう1つのリソースを紹介します。
[ウェビナー]




ターゲットメソッドの最適化


ここでは、幅広いSRMメソッドで測定されたデータを始め、装置データをインポートし、ドキュメントを最適化することについて学んでいきます。ThermoのTSQでスケジュール化せず、2000を超えるトランジションと39回のインジェクションにより測定した最適化されていないドキュメントから作業を開始していきます。まずは、39回すべてのインジェクション測定データを1つの分析としてインポートする方法を学びます。ペプチドの疎水性度による保持時間予測やMS/MSスペクトルライブラリのピーク強度の相関性を利用して測定するピークの信頼度を高めていきます。Skylineの最適化ダイアログを使用して、最も信頼性のあるピーク以外を除外していきます。このようなステップにより、1回のインジェクションで測定できるようにトランジションのリストを減らしていきます。そして、1回のインジェクションメソッドで複数の繰り返し測定の結果をインポートし確認します。(30ページ)

[ダウンロード]



* - Skyline v0.6にて導入。 v1.4、v2.5、v3.7、v20.1で更新。

私たちのProteomics誌の論文もご覧ください。(こちらを引用下さい)
The development of selected reaction monitoring methods for targeted proteomics via empirical refinement
[要約]


結果の確認やメソッドの最適化については、こちらのASMS2009のポスターもご覧ください。

ASMS 2009 Poster



によるグループ研究データの処理


大規模なデータの解析をSkylineにより効果的に処理する方法を学びます。ここでは、14匹のラットから採取した血漿での健常群と疾患群で検出したターゲットタンパク質の差がきちんと捉えられるようにしていきます。一連のデータを処理することを通じ、短時間でデータ全体を捉え、差を理解ができるSkylineの便利な画面表示を知ることができます。さらに、Skylineのバージョン3.1で導入された、Skylineによる群間の差の比較方法についても経験できます。 (73 ページ)

[download]



* - Skyline v3.1にて導入。




既存データ処理および定量実験 (ドラフト版)


ここでは、公開されているSRMのトランジッションのリストと質量分析装置の測定データを用いて、Skylineにより安定同位体標識された内標準ペプチドを利用した定量分析について体験していきます。Skylineのピークエリアと保持時間のサマリーチャートを活用することで、あなた自身のデータを効果的に分析する方法を学びます。(44ページ)

[ダウンロード]



* - Skyline v0.7より導入。 v1.4、v20.1にて更新。(ドラフト版)




MS1フルスキャンフィルタ(ドラフト版)


ここでは、data dependent 測定(DDA)の実験でのMS1スキャンデータを使用して、ペプチドの発現量の差を測定するSkylineドキュメントの作成方法について体験していきます。このチュートリアルでは、まず、探索的な実験のデータ(discovery data)からスペクトルライブラリを構築します。 そして、SkylineドキュメントをMS1フィルタリング用に設定します。 次に、測定したMS1スキャンデータからプリカーサーイオンのクロマトグラムを抽出するために質量分析装置で測定した生のデータをインポートします。 クロマトグラム上の目的のピーク選択については、MS/MSによるペプチド同定情報に基づき行われ、さらにSkyline上での処理を行うことで定量テータを得ることができます。探索実験のデータを用いた標識のない定量分析に興味がある場合、このチュートリアルは研究の新しいツールとなるでしょう。41ページ)

[ダウンロード]

* - Skyline v1.2より導入。 v1.4、v2.5、v20.1にて更新。

2014年10月21日にSkylineチームが作成したウェビナー#1: SkylineによるDDAデータの活用は、SkylineでDDAデータを扱う上で役に立つリソースです。
[ウェビナー1]

2015年6月16日にSkylineチームが作成したウェビナー#8: ターゲットのDDA: Skylineの差別化統計は、DDA実験で検出された全ペプチドから開始して、検体内で変化が見えるタンパク質へと減らすターゲットを絞らない方法です。
[ウェビナー8]

2015年9月29日にSkylineチームが作成したウェビナー#10: Skylineの修飾の作業は、ペプチド修飾についての詳しい説明に加えて、PTMのインポート、同位体標識、大規模なアッセイライブラリのインポートなどの話題を扱います。
[ウェビナー10]

クロマトグラムでID注釈の表示に関する問題が生じた場合は、ヒント: Mascot検索結果でID注釈が表示されない場合を確認してください。Mascotを使用しない場合でも役立つ情報が記載されています。
[ヒント]

私たちのMolecular Cellular Proteomics誌の論文もご覧ください。(こちらを引用下さい)
Platform independent and label-free quantitation of proteomic data using MS1 extracted ion chromatograms in skyline. Application to protein acetylation and phosphorylation
[要約]




併発反応モニタリング(PRM)(ドラフト版)


ここでは、併発反応モニタリング(PRM)の方法について、低分解の質量分析装置であるThermoのLTQと高分解能の質量分析装置であるAgilent 6520 Q-TOFのデータを使って学んでいきます。分解能の異なる装置での測定によるプリカーサーおよびフラグメントイオンを利用したペプチドの定量分析における選択性と感度の違いを理解することができるでしょう。クロマトグラフィーをベースとした定量プロテオミクスを実施する中で、Skylineが提供するさまざまな機能を活用することにより、質量分析データの理解と活用のための新しい方法を発見してください。(39ページ)

[ダウンロード]

* - Skyline v1.2より導入。v1.4、v2.5にて更新。

私たちのJournal of Proteome Research誌の論文もご覧ください。(こちらを引用下さい)
Label-Free Quantitation of Protein Modifications by Pseudo-Selected Reaction Monitoring with Internal Reference Peptides
[要約]




DIA、データ非依存性解析


ここでは、Data-independent acquisition(DIA、データ非依存性解析)について、同一装置で取得したDIAとDDAの測定データを利用していく方法で学んでいきます。まずは、SkylineでDIAデータを処理するための「Isolationスキーム」(DIAでのプリカーサーイオンのウィンドウ幅)の設定を行い、メソッドへエキスポートします。また、実験で使用するスペクトルライブラリをDDAのデータから、DIAの測定データの取得前に作成しておきます。そして、そのスペクトルライブラリからターゲットタンパク質を分析するためのペプチドやトランジションを選択します。そして、関連するDIAのデータをSkylineにインポートし、解析することで、DIAでの作業を始めるための基本的な流れを習熟していきます。 (43 ページ)

[ダウンロード]



* - Skyline v2.6にて導入。




SWATHデータの分析


Navarro, Nature Biotech 2016のベンチマークとなる論文に基づいて、装置用に作成された有機体3種の混合データセットを使用し、Q ExactiveまたはTripleTOF装置のいずれかより取得したデータ非依存性取得(DIA)データを利用する実務経験を積みます。保持時間校正向けの自動iRT校正でDDAデータからスペクトルライブラリと、ペプチドピーク検出のmProphet学習モデルを構築するDIAには、ペプチド検索のインポートウィザードを使用します。保持時間、ピーク領域、質量精度、CVを含むSkyline概要プロットの豊富なコレクションを使用してデータ品質を評価します。最後に、グループ比較を実行し、各有機体で予想される比率をデータがうまく取得できたかを評価します。 (35ページ)

[QEをダウンロード] [TTOFをダウンロード]



* - v20.1にて導入

2020年4月7日にSkylineチームが作成した ウェビナー#18: SkylineにおけるDIA/SWATHデータ解析 を再訪は、最新資料のライブプレゼンテーションです。
[ウェビナーウェビナー]

2017年1月25日にSkylineチームが作成した ウェビナー#14: Skylineを使用した大規模DIAでは、初めてDIAウェビナーを作成してから28か月間で開発された追加の研究とワークフローについて説明しています。
[ウェビナーウェビナー]

2017年4月4日にSkylineチームが作成した ウェビナー#15: Skylineを使用した大規模DIAの最適化では、新たに追加されたデータセットと新規の装置タイプを使用した作業により得られた追加の知見について説明します。
[ウェビナーウェビナー]




によるターゲットメタボロミクス解析 (ドラフト版)


ここでは、Skylineによる小分子化合物の解析について学びます。メタボロミクス研究で使用する小分子化合物のトランジションのリストとWaters社のXevo TQSで測定した14個のデータを使いながら、Skylineでどのように解析を行うかを習得していきます。(12ページ)

[ダウンロード]



* - Skyline v3.1にて導入。v19.1、v20.1で更新。

2015年2月10日にSkylineチームが作成した ウェビナー#4: Skylineターゲットメソッドの編集では、小分子サポートの先行情報をお伝えします。

[ウェビナー]]

2017年11月7日にSkylineチームが作成したウェビナー#16: Skylineの小分子研究サポートに関する新しい資料を紹介します。

[ウェビナー]

このMSACL 2015ポスターを読み、Skylineによる小分子の定量化の詳細をご確認 ください。




小分子メソッド開発とCE最適化 (ドラフト版)


唯一のプリカーサーm/z、プロダクトイオンm/z、そして衝突エネルギーの値のみが指定されている文献引用から、安定同位体標識の小分子をターゲットとするSkylineドキュメントを作成する方法を学びます。また、Sciex製Triple QuadによるCE初期値を用いたWaters製Xevo TQ-Sの複数の繰り返し測定データセットをインポートすることで、小分子の保持時間スケジュール設定と衝突エネルギーの最適化を実施します。ターゲットプロテオミクス用に当初作成されたSkylineの多くの既存機能が、現在では非プロテオミクス小分子データにいかに適用されているかを学びます。(39ページ)

[ダウンロード]



* - 元はSkyline 4.1にて導入。v19.1、v20.1で更新。

2015年2月10日にSkylineチームが作成した ウェビナー#4: Skylineターゲットメソッドの編集では、小分子サポートの先行情報をお伝えします。

[ウェビナー]]

2017年11月7日にSkylineチームが作成したウェビナー#16: Skylineの小分子研究サポートに関する新しい資料を紹介します。

[ウェビナー]

このMSACL 2015ポスターを読み、Skylineによる小分子の定量化の詳細をご確認 ください。




小分子の定量化 (ドラフト版)


プリカーサーイオン化学式および付加物、そしてプロダクトイオンm/z値で指定した小分子をターゲットとするSkylineドキュメントの作成方法を学びます。三連四重極でLC-MS/MSを使用して収集された複数の繰り返し測定データセットをインポートし、元はターゲットプロテオミクスに使用するために作成された既存のSkyline機能のいくつを今度は小分子データに適用できるかを理解します。 (28ページ)

[ダウンロード]



* - 元はSkyline 4.1にて導入。v19.1、v20.1で更新。

2015年2月10日にSkylineチームが作成した ウェビナー#4: Skylineターゲットメソッドの編集では、小分子サポートの先行情報をお伝えします。

[ウェビナー]

2017年11月7日にSkylineチームが作成した ウェビナー#16: Skylineの小分子研究では、小分子サポートに関する新しい資料を紹介します。

[ウェビナー]




絶対定量


実験におけるペプチドの絶対的分子量を推定するために、Skyline校正定量を使用する実務経験を積みます。 (21ページ)

[ダウンロード]



* - Skyline v1.1にて導入。v1.4にて更新。v3.5にて校正機能を更新、v20.1にて更新。

2015年12月1日にSkylineチームが作成したウェビナー#12: Skylineで同位体標識された標準では、この話題に関するもう1つのリソースを紹介します。
[ウェビナー]

2016年4月15日にSkylineチームが作成したウェビナー#13: Skylineの校正定量では、この話題に関するもう1つのリソースを紹介します。
[ウェビナー]

『Nature Methods』に掲載された論文もご覧ください。
[要約]




カスタムレポートとライブレポート (ドラフト版)


Skylineドキュメントから広範な値の表示、編集、エクスポートを行なうことのできるSkylineのカスタムライブレポートを使用し、実務作業経験を積みます。これらのレポートはExcelでの使用に最適であり、またSkylineを用いた装置出力処理後、ディープ統計分析を行なうためにカスタムコードを使用してR、Matlab、Java、C++、その他の言語で書かれています。またSkyline結果グリッドビューを使用するこれらの値へのアクセスの取得方法、Skylineでデータの検査中にカスタム注釈の追加方法について学びます。このチュートリアルに従うことで、Skylineを使用して実現可能な実験の範囲が格段に広がります。 (35ページ)

[ダウンロード]



* - Skyline v0.6より導入。v1.4、v2.5、v20.1にて更新。




iRT保持時間予測 (ドラフト版)


ここでは、スケジュール化された測定やピーク同定のための保持時間予測を行うためのiRT値について学んでいきます。校正された実測のペプチドの保持時間をライブラリーに蓄積することで、将来的に活用することができます。このチュートリアルでは、iRTカリキュレータによる校正方法や、Biognosys社により提案されているiRT-C18というキャリブレーションについて、iRT-Kitのペプチド標準品を用いて詳細に学んでいきます。さらに、SRMの測定データやスペクトルライブラリ、また、探索実験におけるMS1スキャンの測定データから得られたクロマトグラムピークからもiRT値を校正していきます。さらに、新しく設定したグラジエント条件で、新しいカラムを使用してスケジュール化したSRM測定をする際の、iRT値の再校正の方法も学習していきます。また、これらを通じて、iRT値に基づいて、保持時間を正確に予測することにより、クロマトグラムのピーク同定における信頼性が向上することもわかるでしょう。(37ページ)

[ダウンロード]

* - Skyline v1.2より導入。 v1.4、v20.1にて更新。

2015年5月12日にSkylineチームが作成したウェビナー#7: SkylineのiRT保持時間予測では、SkylineにおけるiRT保持時間の正規化とライブラリー構築のコンセプトの詳細が学べるもう1つのリソースを紹介します。
[ウェビナー]

2017年1月25日にSkylineチームが作成したウェビナー#15: Skylineを使用した大規模DIAでは、最新の高度なDIAワークフローと大規模データセットの使用について説明します。ウェビナー#14でも、メソッド開発へのiRT統合について言及しています。
[ウェビナー]

私たちのProteomics誌の論文もご覧ください。(こちらを引用下さい)
Using iRT, a normalized retention time for more targeted measurement of peptides
[要約]




Targeted Method Editing


Get hands-on experience creating a Skyline document for a targeted proteomics experiment. In this tutorial, you will create a MS/MS spectral library from pepXML and mzXML and a background proteome file from a FASTA format file. You will combine these with a public MS/MS spectral library from the Global Proteome Machine to guide creation of a new Skyline document targeting selected yeast proteins, peptides and product ions. From this document, you will export a transition list, ready to run on a AB 4000 Q Trap. (26 pages)

[download]

* - written on Skyline v0.6, updated for v1.4, updated for v2.5, updated for v3.7, updated for v20.1

On February 10th, 2015, the Skyline Team produced Webinar #4: Targeted Method Design with Skyline, another great resource for this foundation topic.
[webinar]




Targeted Method Refinement


Get hands-on experience starting with a broad set of SRM measurements, importing instrument data, and refining the document. Start with an unrefined document requiring over 2000 transitions and 39 injections to measure unscheduled on a Thermo TSQ. Learn how to import all 39 injections into a single replicate. Use a hydrophobicity to retention time regression and ms/ms spectral library peak intensity correlation to improve confidence in measured peaks. Use the Skyline refinement dialog to remove all but the best transitions for the highest confidence peaks. Step through the scheduling process to reduce the document to a transition list that can be measured in a single injection. Import and view multiple replicates of the single-injection method. (28 pages)

[download]

* - written on Skyline v0.6, updated for v1.4, updated for v3.7, updated for v20.1

Also, see our paper in Proteomics (please cite)
The development of selected reaction monitoring methods for targeted proteomics via empirical refinement
[abstract]

On March 10th, 2015, the Skyline Team produced Webinar #5: Targeted Method Refinement with Skyline, another great resource for this topic.
[webinar]


Learn more about reviewing results and refining your methods by reading the ASMS 2009 poster.

ASMS 2009 Poster



Processing Grouped Study Data


Learn how to process multi-replicate study data effectively with Skyline. You will take an initial set of targets already refined as detectable and further refine this set for evidence of differential abundance between healthy and diseased subjects a study of plasma from 14 rats. In the process you will learn to use the powerful Skyline interactive displays to quickly investigate and understand data anomalies. You will also gain experience with the Skyline Group Comparison framework. (70 pages)

[download]

* - written on v3.1

On April 7th, 2015, the Skyline Team produced Webinar #6: Effective Data Processing and Interrogation with Skyline, another great resource learning this material.
[webinar]




Existing and Quantitative Experiments


Get hands-on experience working with quantitative experiments and isotope labeled reference peptides, by starting with experiments with published transition lists and SRM mass spectrometer data. Learn effective ways of analyzing your data in Skyline using several of the available peak area and retention time summary charts. (43 pages)

[download]

* - written on Skyline v0.7, updated for v1.4, updated for v20.1

On December 1, 2015, the Skyline Team produced Webinar #12: Isotope Labeled Standards in Skyline, another great resource for this topic.
[webinar]




MS1 Full-Scan Filtering


Get hands-on experience creating a Skyline document to measure quantitative differences in peptide expression using the MS1 scans from your data dependent acquisition (DDA) experiments. In this tutorial, you will generate a spectral library from a discovery data set, set up a Skyline document for MS1 filtering, import raw mass spectrometer data to extract precursor ion chromatograms from MS1 scans, with peak picking guided by MS/MS peptide identifications, and further process the resulting quantitative data in Skyline. If you are interested in label-free quantitative analysis of discovery data sets, this tutorial will give you a new tool set for your investigation. (41 pages)

[download]

* - written on v1.2, updated for v1.4, revised for v2.5, updated for v20.1

Also, see our paper in Molecular Cellular Proteomics (please cite)
Platform independent and label-free quantitation of proteomic data using MS1 extracted ion chromatograms in skyline. Application to protein acetylation and phosphorylation
[abstract]

On October 21st, 2014, the Skyline Team produced Webinar #1: Getting the Most Out of DDA Data with Skyline, another great resource for working with DDA data in Skyline.
[webinar 1]
On June 16th, 2015, the Skyline Team produced Webinar #8: DDA to Targeted: Differential Statistics with Skyline, An untargeted approach starting from all peptides detected in a DDA experiment reduced to proteins that appear to be changing in the samples.
[webinar 8]
On September 29, 2015 the Skyline Team produced Webinar #10: Working with Modifications in Skyline , with an in-depth discussion peptide modifications, importing PTMs, isotope labeling and importing large assay libraries, among other topics.
[webinar 10]

If you run into trouble seeing ID annotations in your chromatograms, be sure to consult Tip: ID Annotations Missing with Mascot Search Results. Even if you did not use Mascot, this tip may contain useful information.
[tip]




DDA Search for MS1 Filtering


Get hands-on experience starting DDA mass spectometer files, running a peptide search with MS Amanda, building a spectral library from the search results and finally extracting chromatograms for quantitative analysis from the MS1 spectra in the DDA files. In this tutorial, you will use the Skyline Peptide Search wizard to search 3 DDA data files acquired from a human whole cell lysate with the Sigma Alrich UPS1 standard mix of stable isotope labeled proteins spiked in. You will set up Skyline to extract the precursor isotope chromatograms for all detected peptides from the MS1 spectra in the data files, and you will begin to inspect the results in Skyline. (19 pages)

[download]

* - written on v20.2




Parallel Reaction Monitoring (PRM)


Get hands-on experience working with parallel reaction monitoring (PRM) data acquired on a low resolution Thermo LTQ and a high resolution Agilent 6520 Q-TOF. Gain new understanding of the selectivity and sensitivity differences between peptide quantification using precursor and fragment ions measured on low and high resolution instruments. Discover new ways to work with and understand your own mass spectrometry data using the rich feature set provided by Skyline for working with chromatography-based quantitative proteomics. (37 pages)

[download]

* - written on v1.2, updated for v1.4, revised for v2.5, revised for v20.1

Also, see our paper in Journal of Proteome Research (please cite)
Label-Free Quantitation of Protein Modifications by Pseudo-Selected Reaction Monitoring with Internal Reference Peptides
[abstract]

On January 13th, 2015, the Skyline Team produced Webinar #3: PRM Targeted Proteomics Using Full-Scan MS and Skyline, another great resource for producing and working with PRM data in Skyline.
[webinar 3]
On July 21, 2015, the Skyline Team produced Webinar #9: PRM for PTM Studies more advanced discussion that covered using PRM data from a study of modifications on histones.
[webinar 9]
On January 16, 2018, the Skyline Team produced Webinar #13: PRM Method Development and Data Analysis a more complete and modern PRM tutorial using Thermo Fusion data.
[webinar 13]




Basic Data Independent Acquisition


Get hands-on experience working with data independent acquisition (DIA) data, using a workflow that utilizes DIA and DDA runs acquired on the same instrument in series. Define and export a DIA isolation scheme. Build a spectral library from DDA data acquired before the DIA runs for the experiment. Choose peptides and transitions for a target set of proteins based on the spectral library. Import and analyze related DIA runs in Skyline to learn a simple starting workflow for beginning to work with DIA. (40 pages)

[download]

* - written on v2.6

On November 18th, 2014, the Skyline Team produced Webinar #2: Jump Start DIA Analysis with DDA Data in Skyline, another great resource for working with DIA data in Skyline.
[webinar]

On January 25, 2017 the Skyline Team produced Webinar #14: Large Scale DIA with Skyline, which highlighted the additional research and workflows developed in the 28 months since our first DIA webinar.
[webinar]

On April 4, 2017 the Skyline Team produced Webinar #15: Optimizing Large Scale DIA with Skyline, which added new insights from working with a new dataset and a new instrument type.
[webinar]




Analysis of DIA/SWATH Data


Get hands-on experience working with a data independent acquisition (DIA) data, from either a Q Exactive or a TripleTOF instrument, using a 3-organism mix data set created for instruction, based on the Navarro, Nature Biotech 2016 benchmarking paper. Use the Import Peptide Search wizard for DIA to build a spectral library from DDA data with automatic iRT calibration for retention time calibration and an mProphet learned model for peptide peak detection. Assess the data quality using a rich collectoin of Skyline summary plots including Retention Times, Peak Areas, Mass Accuracy, and CVs. Finally, performa a group comparison and make your own assessment of how well the data capture the expected ratios for each organism. (32 pages)

[download Q Exactive] [download TripleTOF]

* - written on v20.1

On April 7th, 2020, the Skyline Team produced Webinar #18: DIA/SWATH Data Analysis in Skyline Revisited, a live presentation of this new material.
[webinar]

On January 25, 2017 the Skyline Team produced Webinar #14: Large Scale DIA with Skyline, which highlighted the additional research and workflows developed in the 28 months since our first DIA webinar.
[webinar]

On April 4, 2017 the Skyline Team produced Webinar #15: Optimizing Large Scale DIA with Skyline, which added new insights from working with a new dataset and a new instrument type.
[webinar]




Small Molecule Targets


Learn how to target non-proteomic small molecule ions with Skyline. You will import a small molecule transition list used in a metabolomics experiment and import 14 runs from a Waters Xevo TQS. Start learning how to apply the power of the Skyline interface for small molecule experiments. (10 pages)

[download]

* - written on Skyline v3.1, updated for Skyline 19.1, updated for Skyline 20.1

On February 10th, 2015, the Skyline Team produced Webinar #4: Targeted Method Editing with Skyline, with a sneak peak of small molecule support.
[webinar]

On November 7th, 2017, the Skyline Team produced Webinar #16: Small Molecule Research with Skyline, with new material on small molecule support.
[webinar]

 

Learn more about using Skyline for small molecule quantification by reading this MSACL 2015 poster.

MSACL 2015 Poster




Small Molecule Method Development and CE Optimization


Learn how how to create a Skyline document that targets stable isotope labeled small molecules from a literature citation, specified as only precursor m/z, product ion m/z, and collision energy values. Perform retention time scheduling and collision energy optimization for small molecules by importing a multi-replicate data set from a Waters Xevo TQ-S using initial CE values from a Sciex triple quad. Learn how many existing Skyline features created initially for targeted proteomics use can now be applied to small molecule data. (37 pages)

[download]

* - Originally written for Skyline 4.1, updated for 19.1, updated for v20.1

On February 10th, 2015, the Skyline Team produced Webinar #4: Targeted Method Editing with Skyline, with a sneak peak of small molecule support.
[webinar]

On November 7th, 2017, the Skyline Team produced Webinar #16: Small Molecule Research with Skyline, with new material on small molecule support.
[webinar]




Small Molecule Multidimensional Spectral Libraries


Learn how analyze complex ion mobility spectrometry-mass spectrometry (IMS-MS) small molecule data using spectral libraries and ion mobility filtering. Explore a spectral library containing m/z, retention time, fragmentation, and ion mobility information, and learn how the CCS values for each molecule are used to increase the selectivity of precursor and fragment extracted ion chromatograms. (23 pages)

[download]

* - Originally written for Skyline 20.2




Small Molecule Quantification


Learn how to create a Skyline document that targets small molecules specified as precursor ion chemical formulas and adducts, and product ion m/z values. Import a multi-replicate data set collected using LC-MS/MS on a triple quadulpole, and see how many existing Skyline features created initially for targeted proteomics use can now be applied to small molecule data. (27 pages)

[download]

* - Originally written for Skyline 4.1, updated for 19.1, updated for v20.1

On February 10th, 2015, the Skyline Team produced Webinar #4: Targeted Method Editing with Skyline, with a sneak peak of small molecule support.
[webinar]

On November 7th, 2017, the Skyline Team produced Webinar #16: Small Molecule Research with Skyline, with new material on small molecule support.
[webinar]




Hi-Res Metabolomics


Learn how to create a Skyline document that targets small molecules specified as precursor ion chemical formulas and adducts. Import a multi-replicate data set collected on a Q Exactive Orbitrap mass spectrometer for a set of plasma samples, and see how many existing Skyline features created initially for targeted proteomics use can be applied to small molecule data. (17 pages)

[download]

* - originally written for Skyline v4.1, updated for 19.1, updated for v20.1




Absolute Quantification


Get hands-on experience using Skyline calibrated quantification to estimate the absolute molecular quantities of peptides in your experiments. (19 pages)

[download]

* - written on Skyline v1.1, updated for v1.4, updated for calibration features in v3.5, updated for v20.1

On December 1, 2015, the Skyline Team produced Webinar #12: Isotope Labeled Standards in Skyline, another great resource for this topic.
[webinar]

On April 15, 2016, the Skyline Team produced Webinar #13: Calibrated Quantification with Skyline, another great resource for this topic.
[webinar]

Also, see our paper in Nature Methods
Rapid empirical discovery of optimal peptides for targeted proteomics
[abstract]




Custom Reports


Get hands-on experience working with the power of Skyline custom Live Reports to view, edit and export a wide range of values from your Skyline documents. These reports are perfect for use in Excel or with custom code written in R, Matlab, Java, C++ and other languages for doing deep statistical analysis after processing your instrument output with Skyline. Also learn to use the Skyline Results Grid view to gain access to these values and to add custom annotations while inspecting your data in Skyline. Follow this tutorial to greatly increase the scope of experiments you can achieve with Skyline. (33 pages)

[download]

* - written on Skyline v0.6, updated for v1.4, updated for v2.5, updated for v20.2




Advanced Peak Picking Models


Learn more about creating and testing advanced models for matching target peptides with chromatogram peaks in Skyline. With the 2.5 release, Skyline now supports creating linear combinations of individual peak scores using the mProphet semi-supervised learning algorithm.  In this tutorial, you will learn to generate decoy peptides and transitions, create and assess mProphet scoring models, and apply them to Skyline chromatogram peak picking, both for SRM and DIA/SWATH data.  You will learn about mProphet assigned q values (adjusted p values, based on FDR) and how you can associate them with your picked peaks and export them in a custom report. (28 pages)

[download]
 

* - written on Skyline v2.5

On April 7th, 2020, the Skyline Team produced Webinar #18: DIA/SWATH Data Analysis in Skyline Revisited, a live presentation of this new material.
[webinar]

On January 25, 2017, the Skyline Team produced Webinar #14: Large Scale DIA with Skyline which included a fairly lengthy section on current peak picking strategies in DIA.
[webinar]

On April 4, 2017, the Skyline Team produced Webinar #15: Optimizing Large Scale DIA with Skyline which included more details on peak picking strategies in DIA.
[webinar]

* - written on Skyline v4.1

You can also watch the DIA/SWATH Course presentation videos which include larger scale hands-on examples.




iRT Retention Time Prediction


Get hands-on experience with iRT, a technique for storing calibrated, empirically measured peptide retention times in a library for future use in retention time prediction for scheduled acquisition and peak identity validation. In this tutorial, you will calibrate your own iRT calculator and also learn more about the iRT-C18 calibration proposed by Biognosys for the peptide standards in their iRT-Kit. You will calibrate new iRT values from SRM data, a spectral library and chromatogram peaks filtered from MS1 scans in a discovery experiment. And, you will learn how to recalibrate these iRT values to schedule SRM acquisition on a new column with a new gradient. You will see how more accurate retention time prediction based on iRT can give you higher confidence in your chromatogram peak identity validation. (36 pages)

[download]

* - written on v1.2, updated for v1.4, updated for v20.1

On May 12, 2015, the Skyline Team produced Webinar #7: iRT Retention Time Prediction with Skyline, another great resource to learn more about iRT retention time normalization and library building concepts in Skyline.
[webinar]

On January 25, 2017, the Skyline Team produced Webinar #15: Large Scale DIA with Skyline with updated, advanced DIA workflows and using larger data sets. Webinar #14 also touches on iRT integration into method development.
[webinar]

Also, see our paper in Proteomics (please cite)
Using iRT, a normalized retention time for more targeted measurement of peptides
[abstract]




Collision Energy Optimization


Get hands-on experience using Skyline to work with empirically measured optimal collision energy (CE) values. In this tutorial, you will create scheduled CE optimization transitions lists for a document with 30 peptide precursors. Using supplied RAW files from a Thermo TSQ Vantage, you will recalculate the linear equation used to calculate CE for that instrument. You will also export a transition list with CE values optimized separately for each transition. (12 pages)

[download]

* - written on Skyline v0.6, updated for v1.4, updated for v20.2

Also, see our paper in Analytical Chemistry (please cite)
Effect of Collision Energy Optimization on the Measurement of Peptides by Selected Reaction Monitoring (SRM) Mass Spectrometry
[abstract]




Ion Mobility Spectrum Filtering


Get hands-on experience using Skyline to work IMS-TOF data. Train a drift-time predictor for BSA spiked into yeast, and see how ion mobility separation improves the selectivity of chromagram extraction in complex data. Learn how to work with ion mobility data in Skyline and explore the 3D (m/z, IMS, intensity) spectra produced by IMS-enabled mass spectrometers. (26 pages)

[download]

* - written on Skyline v3.7, updated for v20.2

On April 23rd, 2020, the Skyline Team produced Webinar #19: Ion Mobility Spectrum Filtering in Skyline, another great resource for this advanced topic.
[webinar]

Also, see our paper in Journal of The American Society for Mass Spectrometry (please cite)
Using Skyline to Analyze Data-Containing Liquid Chromatography, Ion Mobility Spectrometry, and Mass Spectrometry Dimensions
[abstract]

Also, see Brendan's presentation at the 2015 Agilent User Meeting at ASMS
Also, see Erin's presentation slides from the 2015 Skyline User Meeting at ASMS
Also, see the full data set on Panorama Public




Spectral Library Explorer


Get hands-on experience working with the Skyline Spectral Library Explorer. Learn more about working with isotope labels and product ion neutral losses using MS/MS spectral libraries containing 15N labeled and phosphorylated peptides. Use the Library Explorer to accelerate the transition between shotgun discovery experiments and targeted investigation. (22 pages)

[download]

* - written on Skyline v0.7, updated for v1.4, updated for v20.2




Audit Logging


Get hands-on experience working with audit logging in Skyline. Learn how to produce fully audit logged Skyline documents to help others reproduce your research, and you to remember what you did, helpting with the writing of your methods sections for publication. Learn how to work with the Audit Log grid view, an extension of the Document Grid to explore logged changes and provide reasons for the changes you make. This example uses a calibration experiment to show logging of settings changes, data import, integration adjustments, and exclusion of points from a calibration curve. Finally, you will upload your document to Panorama and see how the audit log is captured for review through a browsable web interface. (23 pages)

[download]

* - written on Skyline-daily v20.1.1




QuaSAR Quantitative Statistics


Preferred use of QuaSAR has changed from a GenePattern web page to a Skyline External Tool, installable and directly integrated into Skyline.

[download]




ETH Targeted Proteomics Course Tutorials


In 2016, members of the Aebersold lab at ETH, Zurich - with help from CRG, University of Washington, Purdue and Biognosys - presented the last week long course on targeted proteomics with SRM, PRM and DIA to 30 participants. During the course, the participants worked through 9 tutorials with follow-up exercises. This material has been made freely available on the Targeted Proteomics Course web site, providing a great resource to anyone interested in learning more about Skyline method editing and data processing (8 Skyline + MSstats + mProphet tutorials)

[go there] (2016)

Targeted Proteomics CourseETH Targeted Proteomics Course

* - written on Skyline v3.5

You can also watch the presentation videos.


In 2018, many of the same instructors with some new additions presented the second week long course on DIA/SWATH for proteomics to 50 participants. That course included new tutorials and lectures aimed at teaching DIA/SWATH data processing and use in proteomics research, with some very nice examples using Skyline. You can download them form the same location.

[go there] (2018)

DIA/SWATH CourseETH DIA/SWATH Course

* - written on Skyline v4.1

You can also watch the DIA/SWATH Course presentation videos.