ここでは、幅広いSRMメソッドで測定されたデータを始め、装置データをインポートし、ドキュメントを最適化することについて学んでいきます。ThermoのTSQでスケジュール化せず、2000を超えるトランジションと39回のインジェクションにより測定した最適化されていないドキュメントから作業を開始していきます。まずは、39回すべてのインジェクション測定データを1つの分析としてインポートする方法を学びます。ペプチドの疎水性度による保持時間予測やMS/MSスペクトルライブラリのピーク強度の相関性を利用して測定するピークの信頼度を高めていきます。Skylineの最適化ダイアログを使用して、最も信頼性のあるピーク以外を除外していきます。このようなステップにより、1回のインジェクションで測定できるようにトランジションのリストを減らしていきます。そして、1回のインジェクションメソッドで複数の繰り返し測定の結果をインポートし確認します。（30ページ）

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* - Skyline v0.6にて導入。 v1.4、v2.5、v3.7、v20.1で更新。

私たちのProteomics誌の論文もご覧ください。（こちらを引用下さい）
The development of selected reaction monitoring methods for targeted proteomics via empirical refinement
[要約]

結果の確認やメソッドの最適化については、こちらのASMS2009のポスターもご覧ください。