ここでは、幅広いSRMメソッドで測定されたデータをインポートし、Skylineを通じてトランジッションリストを最適化していく過程を体験することができます。ThermoのTSQでスケジュール化せず、2000を超えるトランジッションで39回の注入により測定した最適化されていないドキュメントから作業を開始していきます。まずは、39個のすべての測定データを一つの分析としてどのようにデータをインポートするかを学びます。ペプチドの疎水性度による保持時間予測やMS/MSスペクトルライブラリのピーク強度の相関性を利用して測定するピークの信頼度を高めていきます。Skylineの最適化ダイアログを使用して、最も信頼性のあるピーク以外を除外していきます。このようなステップにより、一回の注入による測定できるようにトランジッションのリストを減らしていきます。そして、一回の測定メソッドで複数の繰り返し測定の結果をインポートし確認します。（27ページ）

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* - Skyline v0.6より導入。v1.4にて更新。

私たちのProteomics誌の論文もご覧ください。（こちらを引用下さい）
The development of selected reaction monitoring methods for targeted proteomics via empirical refinement
[要約]

結果の確認やメソッドの最適化については、こちらのASMS2009のポスターもご覧ください。