ここでは、data dependent 測定（DDA）DDA質量分析計ファイルの開始、MS Amandaを使ったペプチド検索の実行、検索結果からのスペクトルライブラリの構築、そしてDDAファイル内のMS1スペクトルから定量分析のクロマトグラムを抽出する実務経験を積んでいきます。本チュートリアルでは、Skylineのペプチド検索ウィザードを使用し、安定同位体標識タンパク質をスパイクしたシグマアルドリッチUPS1標準混合品を使ってヒト全血細胞溶解物から取得した3つのDDAデータファイルを検索します。データファイル内のMS1スペクトルから検出されたすぺてのペプチドのプリカーサー同位体クロマトグラムを抽出するようにSkylineを設定し、結果をSkylineで調べ始めます。（19ページ）

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* - Skyline v20.2より導入。 v21.2にて更新。