ターゲットとするプロテオミクスの実験に適したSkylineドキュメントの作成について学んでいきます。このチュートリアルでは、pepXMLとmzXMLファイルからスペクトルライブラリを作成する方法、そしてFASTAファイルからバックグラウンドプロテオームファイルを作成する方法を学びます。これらの作成したファイルにGPM (Global Proteome Machine) 公開MS/MSスペクトルライブラリを追加することによって、選択された酵母タンパク質やペプチドそしてプロダクトイオンをターゲットするようにSkylineドキュメントを更新する方法も学びます。この作成されたSkylineドキュメントからトランジションリストをエクスポートでき、AB 4000 Q Trapに使うことができます(28ページ)

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* - Skyline v0.6にて導入。 v1.4、v2.5、v3.7、v20.1で更新。

2015年2月10日にSkylineチームが作成した ウェビナー#4: Skylineターゲットメソッドデザインでは、この基本的な話題についてもう1つのリソースを紹介します。
[ウェビナー]